研究院设院长1名、常务副院长1名。首任院长由西北大学校长方光华教授兼任，现任院长为西北大学校长郭立宏教授，常务副院长为卢山冰教授。
研究院下设“丝绸之路战略研究中心”、“丝绸之路文化遗产研究中心”、“丝绸之路社会经济发展研究中心”、“丝绸之路国际关系研究中心”、“丝绸之路文明交往研究中心”、“丝绸之路数字化研究中心”等虚体研究机构；“院办公室”、“项目管理办公室”、“信息交流中心”等行政事务机构。
研究院作为“丝绸之路”研究的综合、统筹、组织、协调机构，将根据国家发展战略，结合西北大学在“丝绸之路”相关领域的科研实际，组织相关学科研究人员，对“丝绸之路”历史文化、现实问题和发展战略等领域展开深入研究，力争形成西北大学“丝绸之路”研究特色，为国家和地方社会、经济发展做出更大贡献。